У 2016 році ФТІНТ ім. Б.І. Вєркіна НАН України відзначено нагородою «Лідер науки України 2016. Web of Science award»: За інтеґрованість у світову науку. Наукова академічна установа з найбільшою кількістю публікацій зроблених у міжнародній науковій співпраці» від «Clarivate Analytics» (до листопада 2016 р. відділення з наукової власності та науки «Thomson Reuters»), Національної академії наук України та МОН України.

Співробітникам Інституту Г.Є. Гречнєву, А.А. Звягіну, Ю.О. Колесніченку та Ю.Г. Найдюку разом з науковцями Інституту фізики НАН України, Інституту металофізики імені Г.В.Курдюмова НАН України та Національного технічного університету України «Київський політехнічний інститут» присуджено Державну премію України в галузі науки і техніки 2015 року за цикл робіт «Функціональні властивості об'ємних і поверхневих впорядкованих систем та створення нових металовмісних матеріалів і структур».

Розпорядженням Голови Харківської облдержадміністрації у 2016 році призначено стипендію імені К.Д. Синельникова А.А. Звягіну.

ФТІНТ ім. Б.І. Вєркіна НАН України отримав також диплом учасника міждисциплінарного освітнього проекту для українських художників та науковців «Сайнс Арт Харків» та подяку за активну участь у проведенні VI Наукових пікніків 17 вересня 2016 р.

Департамент науки і освіти Харківської обласної державної адміністрації висловив щиру подяку за надану науково-методичну і практичну допомогу в проведенні обласних літніх шкіл Харківського територіального відділення Малої академії наук України В.О. Горькавому та Д.В. Болотову.